Selain kitab-kitab yang dikaji di madrasah, terdapat pengajian kitab lainnya yang dimaksudkan sebagai pengayaan pengetahuan santri. Pengajian-pengajian ini selain diperuntukkan bagi para santri, juga dibuka untuk umum.
Pengajian Ahad Pagi:
Pengajian Ahad Pagi dimulai ba’da subuh (sekitar pukul 05.00) yang diisi oleh Pengasuh PP. Miftahul Huda, K. H. Su’ada Adzkiya. Bertempat di Masjid Miftahul Huda.
Pengajian Malem Reboan:
Bertempat di Kantor Pondok Putri Baru diisi oleh K. Abdal Malik. Dimulai pukul 21.00 s/d selesai sedangkan kitab yang dikaji adalah Tafsir Jalalain dan Fatkhul Mu’in
Pengajian Kemisan:
Bertempat di Masjid Miftahul Huda dan diampu oleh K. H. Su’ada. Pengajian Kemisan dimulai sekitar pukul 13.00 sedangkan kitab yang dikaji adalah Haqoiq an Tashawuf.
Semaan al-Qur’an Ibu-ibu
Semaan al-Qur’an ibu-ibu dilaksanakan pada setiap hari Selasa mulai jam 09.00 wib. Tempat pelaksanaan bergilir di lembaga-lembaga yang berada di bawah naungan Yayasan Miftahul Huda Kroya
Tahsin al-Qur’an Ibu-Ibu
Tahsin al-Qur’an Ibu-Ibu dilaksanakan setiap hari Sabtu mulai jam 09.00. Tempat pelaksaan di ndalem Ibu Nyai Hj. Mas’adah